《素问集注》、《灵枢集注》为阐发《内经》之理，集诸家一得之见。张志聪之注，开集体创作之先河，俾后人读《素问》而知病之所由起，读《灵枢》而识病之如何瘳。《伤寒论宗印》、《伤寒论集注》注解《伤寒论》，虽然维护伤寒旧论，但在理论研究上，能独立思考，提出看法。 《金匮要略注》重视以经解经，所引用的经书有《素问》、《灵枢》、《伤寒论》、《难经》等，其中以《内经》、《伤寒论》最多。《侣山堂类辩》是张氏集同学及弟子数十人，在侣山堂研讨中医学术、医理之文集。本书论辨的中心思想在于研究中医学术之同异，而辨其是非。其所论辨的内容，有属于脏腑、经络、气血、病因等基础理论的；有属于四诊、八纲等诊断学说的，有属于辨病辨证施治的；有属于医籍评介的。下卷主要论述中药。其卷首与卷末载方药论10余篇，卷中论述了40多种药物的命名、性味和功用主治等。