第一层次指的是对过去实际发生的事情的述说，第二层次则是指对这种述说背后起支配作用的观念进行反思和解释，后者有时也称或。我们可以分别称之为一阶科学史和二阶科学史。一阶的科学史和二阶的科学史是密切关联的。我们称之为“历范围、不同内容和不同到牛顿这段历史时期。这段时期，科学思想发生戏剧性的变革，为迎接新思想的到来所需要的细节上的改变，一环紧扣一环，每一环节都由一个伟大的人物来完成，整个科学的进展仿佛是早已安排好了的一幕戏剧的开演。这样的历史当然使思想史或观念史大有用武之地，可是这种情况在科学史上并不总是出现。到了18世纪，科学发展的线索就不那么分明了，科学史不再是在少数几个成熟学科中观念的变革史，而是许多新学科的诞生史。美国科学史和科学哲学家托马光学与静力学这五大学科属于古科学在科学革命时期的转变，更多地归因于人们以新的眼光去看旧现象，而较少得力于一系大地依赖实验，库恩称之为培根科学，因为培根曾在他的发展设计过兰图。库恩指出，数学传统的古典科学和实验传统的培根科学直到19世纪仍然是分离的、独立发展的，不能用一种发展模式来套全部的科学史。库恩的观点对我们认识思想史编史方法的局限性是有帮助的。