《柳如是别传》是陈寅恪先生晚年的封刀之作，约八十余万言。描写的柳如是乃明末清初的名妓，嫁给钱谦益。陈寅恪对柳如是评价极高，认为是“民族独立之精神”，为之“感泣不能自已”。但《柳如是别传》的写作动机，至今仍是一个谜。陈寅恪自言“世所传河东君（柳如是）之事实，多非真实，殊有待发之覆。今撰此书，专考河东君之本末，而取牧斋事迹之有关者附之”。何龄修认为“第五章《复明运动》实际上是全书主旨所在。”陈寅恪在《柳如是别传》缘起有一诗：“平生所学惟余骨。晚岁为诗欠砍头。幸得梅花同一笑，岭南已是八年留。”陈寅恪晚年双眼已盲，双腿又断，只能以口述方式，由助手黄萱女士记录，黄萱曾感慨地说：“寅师以失明的晚年，不惮辛苦、经之营之，钧稽沉隐，以成此稿。其坚毅之精神，真有惊天地、泣鬼神的气概”。此书是陈寅恪生前最后一部巨著，写作时间最长、篇幅最大。1953年开始撰写，至1964年夏天完稿，但因文革迟迟未付梓，直到1980年8月初版。吴宓说此书“藉以察出当时政治（夷夏）道德（气节）之真实情况，盖有深意存焉。绝非消闲风趣之行动也”。钱钟书对此书颇不认同，认为陈寅恪没必要为柳如是写那么大的著作。