孙一奎毕生的医学理念及临床经验均汇于《赤水玄珠》一书，又称《孙氏医书三种》。《赤水玄珠》自明末至民国初年经多次翻刻，后世主要流传版本有明代古歙县刻本及日本明历三年刻本两种、清代汲古阁书局刻本及东佛镇天宝楼刻本两种及民国初年上海著易堂书局铜印本。此次校书工作主要参考了中国中医科学院图书馆馆藏日本明历三年丁酉风月堂左卫门刊本（后简称“日刻本”或“原本”）、古歙黄鼎明万历二十四年丙申刻本（后皆简称“古歙县本”）、清汲古阁书局刻本（后皆简称“汲古阁本”）、清东佛镇天宝楼刻本、钦定四库全书本（后皆简称“四库本”）及民国初年上海著易堂书局铜印本（后皆简称“著易堂本”）。 孙氏的医学理念及临证经验主要汇集于《赤水玄珠全集》，《赤水玄珠》包括《赤水玄珠》、《医旨绪余》及《孙氏医案》，《赤水玄珠》约占全书九成，为孙氏医学实践及主要学术成就的结晶。书中证治理念多祖金元四大家刘完素、朱丹溪、张子和、李东垣之言，又兼采易水学派张洁古之说，亦时引刘宗厚《玉机微义》之语。孙氏曾师从于汪石山门下，汪氏乃刘完素及丹溪一脉传人，因而孙氏的医理犹重刘河间。然其虽师承河间之学，却不呆守其法，更将汪石山“辨《明医杂著》忌用参芪论”一篇列于《赤水玄珠》卷中，以抨击王汝言等“阳常有余而阴常不足”的偏执火热论者，还师学活法之真旨。足见孙氏虽承金元医家之遗续，却不泥于师法，终自成一家。时人论其医学谓：阐《素》、《难》之奥，“列其方而不泥其方，究其辞而融其意”。其承师法：“不泥其法，不离其法，以合离得之。” 此次校注所用底本日刊本《赤水玄珠》共30卷，随证附方，兼述医理，内容囊括内、外、妇、儿各科病证七十余门。体例概先以《内经》及各家学说为引，继而参合个人临证经验分述理法方药，另对古今病证、病名相混淆之处，亦有论述。书中记载了孙氏所创温补下元的“状元汤”、“状元散”等方药，在临证施治上反映了孙氏“命门动气论”理论的创见。书中内容概要见于其自书“凡例”，兹不赘述。 《赤水玄珠》是一部能够全面而系统反映孙一奎毕生临证经验的医书，适宜藉此进行孙氏学术思想及临证经验的整理和研究，适合在读中医学子、临床中医师及有一定中医学基础知识的中医爱好者阅读参考。